Eesti Kultuuriloolise Arhiivi käsikirjade kogu sisaldab eesti kultuuriloo ja rahvusliku mälu olulisemaid allikmaterjale. Siin säilitatakse kirjanike, kunstnike ja teiste loovisikute, kultuuri- ja ühiskonnategelaste kirjavahetusi, käsikirju, dokumente, mälestusi, päevikuid jmt ning kirjandusväljaannete, kirjastuste, organisatsioonide ja asutuste materjale.
EKLA vanimad käsikirjad pärinevad 16. sajandist. Erilise väärtusega on esimesed eestikeelsed käsikirjad. Tänu väga pikaajalistele kogumistraditsioonidele on õnnesunud säilitada ka silmapaistval hulgal meie rahvuskultuuri kujunemise seisukohast tähtsate tegelaste materjale (O. W. Masing, J. H. Rosenplänter, K. J. Peterson, F. R. Faehlmann, F. R. Kreutzwald, Lydia Koidula, Jakob Hurt, Johann Köler, Mihkel Veske, Jaan Jõgever, Ado Grenzstein, Villem Reiman jpt).
EKLAs leidub rikkalik kogu eesti kirjanduse klassikute nagu Eduard Bornhöhe, Aino Kallas, August Gailit, August Kitzberg, Oskar Luts, Juhan Liiv, Mait Metsanurk, Ernst Peterson-Särgava, K. E. Sööt, A. H. Tammsaare, Friedebert Tuglas, Gustav Suits, Marie Under, Eduard Vilde, K. A. Hindrey ja paljude teiste kirjanduslike suurkujude käsikirjalisi materjale.
Alates 1990. aastate lõpust on EKLA-sse laekunud suurel arvul eesti pagulaskirjanike ja diasporaakogukondade arhiivimaterjale. Enam kui 20 aastaga on EKLAsse jõudnud mitmete suurte eesti pagulaskirjanike arhiivid ning see protsess jätkub tänaseni.
Uurijatele on kättesaadavad Arno Vihalemma, Ants Orase, Raimund Kolgi, Johannes Aaviku, Asta Willmanni, O. A. Webermanni, August Mälgu, Valev Uibopuu, Ilmar Talve, Ivar Ivaski, Hellar Grabbi jpt kirjanike ja kirjandustegelaste kogud.
EKLA-s leidub mitmesuguseid paikkondlikku ajalugu käsitlevaid materjale. Eraldiseisvaks töösuunaks on eesti elulugude sihipärane kogumine, säilitamine, uurimine ja väljannete koostamine.
