Eesti Kirjandusmuuseumi ajalugu on tema kogude ajalugu.
Käsikirjalisi allikmaterjale hakkas süstemaatiliselt koguma Pärnu pastor J.H.Rosenplänter 19. sajandi esimestel kümnenditel, tänu kellele ongi säilinud K.J.Petersoni, O.W.Masingu jt kaasaegsete autograafid. Rahvaluulet kogusid juba Fr.R.Kreutzwald jt, esimese suurkogumise organiseeris aga Jakob Hurt, kelle rahvaluulekogu on Eesti Rahvaluule Arhiivi alus ja ka algus.
Arhiivraamatukogu rajas Oskar Kallas, kes kandis siia üle Eesti Üliõpilaste Seltsi Eesti-alase raamatukogu, mida oli süstemaatiliselt kogutud 1870. aastatest alates. Kui O.Kallase initsiatiivil asutati 1909. aastal Eesti Rahva Muuseum, oli selle peamiseks osaks Arhiivraamatukogu.
1920'
1921. aastal asutati Eesti Bibliograafia Asutis, mille ülesandeks sai Eesti ajakirjanduse sisu avamine.
1924. aastal ostis ERM maja Aia (nüüd Vanemuise) 42, kuhu koliti Arhiivraamatukogu ja Eesti Bibliograafia Asutis ja kus
loomise järel leiti koht ka Eesti Rahvaluule Arhiivile ja Eesti Kultuuriloolisele Arhiivile. Muu osa Eesti Rahva Muuseumist
paiknes Raadi mõisas.
1927. aastal asutati Eesti Rahvaluule Arhiiv, mille üheks ajendiks oli Jakob Hurda rahvaluulekogu tagasitoomine
Eestisse Soomest, kuhu ta oli viidud pärast J.Hurda surma. Arhiiv O.Looritsa juhtimisel alustas ka ise aktiivset kogumist.
1929. aastal asutati Eesti Kultuurilooline Arhiiv, mille aluseks sai Eesti Kirjanduse Seltsi (EKS), Eesti Rahva Muuseumi
(ERM), Akadeemilise Kirjandusühingu (AKÜ) ja Akadeemilise Ajaloo Seltsi (AAS) kogude ühendamine. Sellele järgnes
ulatuslik kogumistöö.
Kõikide arhiivide tegevust juhtisid kolleegiumid. Kõik arhiivid kuulusid sihtasutuse Eesti Rahva Muuseum koosseisu.
1940'
1940. aasta novembris riigistati teiste muuseumide seas ka ERM ja jaotati kaheks: Riiklikuks Etnograafiamuuseumiks
(asukohaga Raadil) ja Riiklikuks Kirjandusmuuseumiks (asukohaga Vanemuise 42). Kirjandusmuuseumi
esimeheks sai MART LEPIK.
1942. aastal likvideeriti Kirjandusmuuseum kui iseseisev asutus Saksa võimude poolt, selle kogud liideti Tartu
Ülikooliga.
1944. aastal taastati Kirjandusmuuseum iseseisva asutusena ja toodi vahepeal evakueeritud varad Vanemuise
tänavale tagasi. Muuseumi kogud sõjas kuigivõrd kahju ei saanud. Arhiividest said Kirjandusmuuseumi osakonnad.
1945. aastal sai Mart Lepiku arreteerimise järel ajutiseks direktori kohusetäitjaks Richard Viidalepp. 1945-51 juhtis
Kirjandusmuuseumi Alice Habermann.
1946-1995. aastatel oli Kirjandusmuuseum ENSV Teaduste Akadeemia humanitaarasutus, kus uuriti, koguti ja
korraldati materjale, valmistati ette publikatsioone ja korraldati näitusi. 1953. aastal omistati muuseumile Fr. R.
Kreutzwaldi nimi.
1950'
1951-1952 aastail tehti katse liita Kirjandusmuuseum Keele ja Kirjanduse Instituudiga ja direktoriks oli Keele ja
Kirjanduse Instituudi direktor Heinrich Tobias.
1952-1954. aastal oli direktori kt Salme Lõhmus.
1953-1990. aastatel kandis Eesti Kirjandusmuuseum nime E(NS)V TA FR. R. Kreutzwaldi nim. Kirjandusmuuseum.
1954-1989 oli Kirjandusmuuseumi direktor Eduard Ertis.
1958. aastal ilmus esimene köide Eesti Kirjandusmuuseumi poolt publitseeritavast kogumikust "Paar sammukest eesti kirjanduse ja rahvaluule uurimise teed". Nüüdseks on kogumikku ilmunud 28 köidet.
1990'
1990. aastal valiti Kirjandusmuuseumi direktoriks Peeter Olesk, kes oli sellel kohal kuni 1993. aastani.
1993. oktoobrist kuni 1995. a. märtsini täitis direktori kohuseid Rutt Hinrikus.
1995. aasta jaanuaris valis Kirjandusmuuseumi nõukogu direktoriks viieks aastaks filoloogiamagister Krista Aru. Samal aastal kinnitas Eesti Teaduste Akadeemia Presiidium asutuse nimeks Eesti Kirjandusmuuseum ja Kirjandusmuuseum tunnistati riiklikuks teadusasutuseks.
2000'
1. veebruaril 2000 ühinesid Eesti Kirjandusmuuseumiga Eesti Keele Instituudi folkloristika (juhataja Mare Kõiva) ja
etnomusikoloogia (juhataja Ingrid Rüütel) osakonnad. Alates 2014. aastast etnomusikoloogia osakonna töö peatatud.
21. veebruaril 2000 valis haridusministri poolt kinnitatud valimiskogu, milleks oli Eesti Kirjandusmuuseumi laiendatud
teadusnõukogu, ühehäälselt järgnevaks viieks aastaks kirjandusmuuseumi direktoriks tagasi senise direktori Krista
Aru.
Alates 1. juunist 2005 - 30. juuni 2015 oli kirjandusmuuseumi direktoriks Janika Kronberg.
2015–2020 oli Eesti Kirjandusmuuseumi direktor Urmas Sutrop (1. juuli 2015 – 30. juuni 2020).
1. juulist 2020 – 1. juunini 2021 oli Eesti Kirjandusmuuseumi direktori ülesannetes Martin Eessalu.
1. juunist 2021 kuni 18. juulini 2022 oli Eesti Kirjandusmuuseumi direktor Tõnis Lukas.
18. juulist 2022 on direktori ülesannetes Merike Kiipus.
1. jaanuarist 2023 juhib Eesti Kirjandusmuuseumi Piret Voolaid.